KazMU

В общем, друзья. Проблема решена. Не слушайте "Битрикс разработчиков" в этой теме, проблема решается в самом битриксе.

AddEventHandler("sale", "OnCheckCollateDocuments", "CustomChangeCheckType");
function CustomChangeCheckType($entities)
{
    foreach ($entities as $entity) {
        if ($entity instanceof \Bitrix\Sale\Payment) {
            $order = $entity->getCollection()->getOrder();
            if ($entity->isPaid())
            {
                $related = [];

                foreach ($entity->getCollection() as $payment)
                {
                    if ($payment->getId() != $entity->getId())
                    {
                        $related[\Bitrix\Sale\Cashbox\Check::PAYMENT_TYPE_ADVANCE][] = $payment;
                    }
                }

                foreach ($order->getShipmentCollection() as $shipment)
                {
                    if (!$shipment->isSystem())
                    {
                        $related[\Bitrix\Sale\Cashbox\Check::SHIPMENT_TYPE_NONE][] = $shipment;
                    }
                }

                return new \Bitrix\Main\EventResult(
                    \Bitrix\Main\EventResult::SUCCESS,
                    [['TYPE' => \Bitrix\Sale\Cashbox\FullPrepaymentCheck::getType(), 'ENTITIES' => [$entity], 'RELATED_ENTITIES' => $related]]
                );
            }
        }
    }
    return new \Bitrix\Main\EventResult(
        \Bitrix\Main\EventResult::ERROR,
        []
    );
}

Это нужно писать в init.php
Я не битрикс разработчик, от увиденного кода битрикса мне стало плохо, все через одно место, как и код выше.