Вы удивитесь, но чтобы убрать папку из репозитория, вам нужно удалить её из репозитория. Только так.
Например вы можете удалить папку в рабочем каталоге и затем не забыть закоммитить это изменение.
Если эти файлы нужны в рабочем каталоге, то можно удалить только из репозитория.
git rm —cached ".idea"
git commit -m "Delete .idea"
Файл .gitignore поможет не добавить в репо случайно что-то лишнее. Поэтому мы его создаем в первую очередь, ещё до создания коммитов. Более того, даже если файлы подпадают под правила игнора, это всё равно не запрещает нам их закоммитить при сильном желании.
Запомните! Простое редактирование файла .gitignore не удаляет никакие файлы из репозитория. Вам надо удалить файлы самостоятельно, создав коммит удаления.