Команда
npx create-react-app по умолчанию инициализирует репозиторий внутри каталога приложения. Так как обычно приложение разрабатывают в отдельном репозитории, а не встраивают в другой проект. Говорят есть ключик
--skip-git, который помогает не создавать репозиторий, но я не проверял.
Таким образом у вас получился вложенный репозиторий, который обрабатывается особым образом в гите. В частности команда
git add должна была вам выдать примерно такую подсказку:
Вам нужно сделать две вещи:
1. Избавиться от вложенного репозитория, удалив каталог
.git внутри
mainapp-ui
2. Удалить из репозитория информацию о каталоге, если ранее успели добавить
git rm --cached mainapp-ui
Затем снова попробовать индексировать каталог
git add mainapp-ui
Теперь он уже должен добавиться как каталог, а не как поддерево (subtree)
