Karponter

Мысли вслух...
... пропарсить полученный файл, достать ссылки эйджекс запросов, пойти туда самому и взять все что нужно ...
... shell execute + консольный браузер, который понимает JS, правда не уверен как отловить там время отработки ейджекса ...

JSON хранить в базе в Вашем конкретном случае (хранение заказа со списком товаров и прочим) не есть хорошо. Попробуйте перестроить базу. Хранить в таблице сам заказ и его общую стоимость к примеру, и подвязывать его идентификатор к связующей таблице а-ля GOODS-ORDER много ко многому.

echo "input dump --- \n";
var_dump($counter_arr);
echo "output dump --- \n";
var_dump($this->process($counter_arr));

Выполните для входного файла после считывания и увидите что именно считалось с входного файла и что должно записаться обратно после обработки. Сравните с исходником и результатом в файле. Таким образом легко выявите в какой области ошибка: считывание, обработка или запись.
var_dump($this->process($counter_arr));
Если этот код выдаст злополучные два значения вместо ста - ошибка в обработке.

mail('user1@domain.ru, user2@domain.ru, user3@domain.ru', 'My Subject', "My Message");

+ просмотрите логи веб-сервера. Возможно ошибка не в коде а в почтовом сервере. Функция же сама по себе почту не отправляет а лишь дает команду почтовому серверу.

+ Получателя и тему лучше задавать в одинарных кавычках, ибо функция очень плохо реагирует на спецсимволы в этих полях.