KaliUser

Все от того, что вы пытаетесь пользоваться инструментами которые на ранних этапах изучения питона принесут больше проблем, чем позволят их решить.
Вот например, вы знали, что pycharm при создании проекта создает виртуальное окружение?
Без понимания того что это и как оно работает, вы и дальше будете ставить библиотеки в голую систему и продолжать не понимать, почему в pycharm ее "не видно".

Хотя я нахожусь с файлом ngrok в одной директории

добавьте перед командой ./ без пробела. Т.е. ./ngrok ...и т.д.

#!/bin/bash

dat=$(cat data.txt)
echo "$dat"