Kak_B_CTapou_Cka3ke

Ваш код:

// setup autocomplete function pulling from currencies[] array
  $('#autocomplete').autocomplete({
    lookup: currencies,
    onSelect: function (suggestion) {
    	console.log(suggestion);
      var top = $('#'+ suggestion.data).offset().top - 10;
      $('html,body').stop().animate({scrollTop: top}, 500);
      $('#autocomplete').val('');

      var scroll = $(window).scrollTop();
      if (scroll) {
          $("#"+ suggestion.data).addClass("active");
          setTimeout(function() {
            $("#"+ suggestion.data).removeClass("active");
          }, 7000);

      }
    }
  });

В чём сакральный смысл получения значения $(window).scrollTop() и условия, основанного на этом значении? Не работает из-за этого.
А вот это "через раз" - работает только когда у вас страница хоть сколько нибудь проскроллена (больше чем на 0 пикселей)