7-zip.org.ua/ru шифрует весь архив, использую именно для закачки на дропбокс
Командная стока:
7z.exe a -ms=on -mx=9 -y -m0=ppmd:mem=256m:o=32 -v1g -pВашСложныйПароль -mhe имя_архива имя_директории
ключ -v1g разбивает архив на файлы по 1g (если не нужно, то можно убрать)
Или в GUI клиенте галочку поставить и задать пароль.