Предлагаю "лучшие практики" смотреть на реальных проектах.
Не берусь судить, какие из них лучшие, но определенные знания изучение чужого кода дадут.
Например,
https://github.com/ytdl-org/youtube-dl
https://github.com/docker/compose
... и т.д.
Еще предлагаю из книг найти Дэн Бейдер "Чистый Python".
