Если ИП, тогда выбрать систему налогообложения УСН, спец. режимы, один из следующих:
1. 6% (Доходы);
2. 15% (Доходы-Расходы);
3. Патент.
Рекомендую посмотреть в сторону патента.
Посмотрите подходит ли ваш
субъект для патента.
Далее выберите
ОКВЭД.
Я сам использую
62-Оказание услуг (выполнение работ) по разработке программ для ЭВМ и баз данных (программных средств и информационных продуктов вычислительной техники), их адаптации и модификации из этого списка. Более подробно, посмотрите
тут и
тут.
Договор стандартный, в сети их много, смотрите, выбирайте...... Чтобы клиент всегда, хотел платить - закрывайте каждую работу/задачу актом о выполненных работах. Для ведения бух.учета, однозначно 1с (базовой версии будет достаточно). В базовой версии все обновления бесплатны, отчетность можно сдавать сразу из программы.