Не знаю, как решили проблему, но напишу для тех, кому это ещё актуально)

У всех, конечно, могут быть разные причины, но, думаю, мой вариант многим подойдёт

1. Копируем сниппет migxResourceMediaPath и обзываем как-нибудь migxResourceMediaPathCustom
2. В конце скопированного скрипта перед return $path; вставляем следующие строчки:
if (!file_exists($fullpath)) {
return '';
}
3. В админке в медиа в источниках файлов у ResourceMediaPath меняем migxResourceMediaPath на migxResourceMediaPathCustom в basePath и baseUrl

Готово. Больше этой ошибки в логах быть не должно

Очень глубоко не копал, но проблема в том, что там в методе getBases идет проверка на существование папки, которой нет. Проверка происходит у абсолютно каждого запроса к серверу, даже ошибочного 404. Так что таким образом мы еще до проверки не возвращаем путь, которого не существует

Потестил, вроде норм всё работает, но глубоко не лазил, поэтому точно не скажу (: