Проблема решилась. Оказывается, HTTPS был реализован на другой машине, где был установлен второй nginx и на этом втором нужно было указать свой client_max_body_size
Всем спасибо за помощь! Однако, я устал разбираться и (благо была такая возможность) решил скопировать все более менее важное, чтобы потом все снести и переустановить.
