Все просто. Когда вы делаете проект в Афтер Еффектс, многие сцены приходится пре-композить. В такких случаях в главной композиции у вас собирается всего лишь список композиций, да и фон из одного солида. То есть, все очень аккуратно. Потом в премьере проект с афтера открывается, как буквально папка с композициями. Нужно просто выбрать мейн и поместить на таймлайн.