JhaoDa

А ещё есть вариант №3 — раскладывать все классы (в том числе и контроллеры с консольными командами) по разделам бизнес-логики, т.е. что-то типа DDD. И все варианты правильные, и все используются. И, наверное, существуют варианты №4, №5 и т.д.

На этот вопрос нет единственно верного ответа.

Облегчите себе жизнь — используйте https://github.com/appwilio/russianpost-sdk

Так, как это описано в разделе 3.4.1 протокола взаимодействия с Интеркассой.

Зарегистрироваться у любого смс-провайдера, взять либу для работы с его API и сделать «чтобы дополнительно смс приходило».

Да, так и делают. Например, в Laravel.

Попробуйте руками.

Полагаю, что вас спасёт Twig.

А при чём тут библиотеки? В фреймворках есть механизм событий, его и используйте.
Пользователь нажал «Удалить фотографию», вы в контроллере это действие выполняете и генерируете событие (или в обратном порядке). Дальше обработчик-подписчик ловит это событие и выполняет какое-то действие — рассылает уведомления, пишет логи и т.д. На одно событие может быть неограниченной число обработчиков, что даёт гибкость — не надо зашивать весь код в одном месте.