Сам себе напишу один из вариантов решения -- хранить всю базу данных в памяти (паку данных mysql на tmpfs) и время от времени делать дамп на карточку (можно предварительно сжимать в tgz, чтобы уменьшить размер). При загрузке, соответственно, восстанавливать из последнего сохранённого дампа.
