Не понимаю почему косяк, но в роли костыльного костыля добавь в файлы godot-cpp\tools\ios.py , godot-cpp\tools\linux.py, godot-cpp\tools\windows.py
после импортов 2 строчки
from SCons.Variables import EnumVariable, PathVariable, BoolVariable
from SCons.Variables.BoolVariable import _text2bool
