Сергей

Проблема решена.
Надо отредактировать файл delegates.xml с в директории Imagemagic. Секцию обработки альфа канала.

<delegate decode="ps:alpha" stealth="True" command=""gs" -q -dQUIET -dSAFER -dBATCH -dNOPAUSE -dNOPROMPT -dMaxBitmap=500000000 -dAlignToPixels=0 -dGridFitTT=2 "-sDEVICE=pnmraw" -dTextAlphaBits=%u -dGraphicsAlphaBits=%u "-r%s" %s "-sOutputFile=%s" "-f%s" "-f%s""/>

Источник

Утилита начинает выдавать отдельно все страницы PDF, которые потом можно слепить в один tiff командой mogrify.