Если файлы не менялись, то они и не будут перезаписываться. И у каталога не поменяется дата, если набор файлов в нём не изменился. А в .idea сохраняются настройки и кэш pycharm'а, которые относятся к вашему проекту.
При нормально работе в IDE ничего сохранять не нужно. оно само сохраняется.
А вот что нужно - это пользоваться системой контроля версий. Например GIT
