Раз уж проблема в том что у body исчезает класс "modal-open". Можно навесить на событие "shown.bs.modal" (срабатывает после открытия) 2-го модального окна код который будет добавлять в body класс "modal-open":
$('#modal2').on('shown.bs.modal', function (event) {
$('body').addClass('modal-open');
})