Автоматизировать распаковку файлов предлагаю через SikuliX или pywinauto.
Распаковываем файлы, затем с помощью модуля OS получаем содержимое каждой папки (вывести в список) и размер каждого файла (в другой список). Из двух полученных списков формируем словарь, где ключ - название файла. Повторяем для второй папки -> сравниваем словари. Profit.
