Алгоритм для кластеризации документов из нескольких частей?

Классификация конечно хорошо, но немного не то что надо =) за библиотеку спасибо, посмотрю на нее, почитаю поподробнее про feature extraction, скорее всего я фичи неправильно выбрал.

Как обеспечить прозрачный доступ к зашифрованным файлам без их полного расшифрования?

Хороший комментарий, собственно для этого я и задал данный вопрос. =)