Вообще на самом деле джанго можно сделать аля-микросервисным если рассматривать каждое приложение как отдельный микросервис.
В Джанго можно подключить для любой модели отдельную базу данных которая может находится на отдельном сервере или другом порту.
Всё что требуется добавить в модель следующие:
class MyModel(Model):
class Meta:
using = 'default' # дефолтная база из DATABASES из settings.py
Использование отдельных баз данных это дело одно, но вам скорее всего хотелось бы чтобы каждое приложение работало на отдельном порту, это тоже не проблема, в каждом приложении создайте systemd.service который запустит экземляр на другом порту и делайте жесткую ссылку в systemd/system, после через nginx проксируйте по location на порт приложения.
Чисто так технически можно перенести экземпляры на разные серверы и поправить конфиги.
Важно чтобы секретный ключ был один и тот же везде, иначе будет много проблем, по безопасности всё ок если не раскрывать его третьим лицам.
Как вариант секретный ключ и другие данные можно хранить в .env и подгружать их в settings.py.
Если хотите сохранить чистоту коду, то экземляры можно раскидать по папкам, в каждой из них набросать по минималке README.txt с инфой на каком порту запущено, какие команды для остановки и перезапуска, какие паки нельзя трогать а какие можно, можно только ту в которой висит приложение а все остальные папки которые не взаимодействуют из этого приложения можно снести.
В общем какой-то такой вариант можно реализовать, но я бы рекомендовал оставить как есть и по возможности старые сервисы переписывать на микросервисы FastAPI а новые эндпоинты сразу пилить на нём.