У меня проблема решилась использованием именованных интерфейсов для package-info пакета, где находится сущность, от которой зависит другая сущность и дальше использовать allowedDependencies в @ApplicationModule в package-info модуля-потребителя с ссылкой на модуль и именованный интерфейс, который нужен для зависимости.