по структуре проекта, каждому своё, например:
/public/ - тут скомпилированный проект (нужна только для github pages)
/source/ - тут проект в исходном виде (less, html, js, fonts, img, ... - всё из чего компилируется проект)
readme.md - описание репозитория
index.html - тут можно редирект сделать в папку public или оставить карту верстки (если страниц много)