JDima

От случайных людей оба защитят прекрасно.
А неслучайным людям вы сами всё отдадите, даже с замаскированного раздела TC.
Вывод — используйте то, что удобнее.

И снова напишу, что написанное в заголовке утверждение радикально противоречит объективно наблюдаемой реальности. Потери производительности напрямую соответствуют количеству/качеству запущенного в данный момент ПО. Возможна поправка на деградацию дисковой подсистемы (фрагментация как пример).
«Замусоривание реестра» — на данном этапе развития техники несусветная глупость, и более того — любые попытки автоматизированной его очистки практически гарантированно приведут у появлению той самой необходимости переустанавливать ОС.

зачем руководству доступ к серверам по SSH? Нам ответили коротко — НАДО

Спросите еще раз. И еще. До получения ответа. Аргумент — «это ведь неудобно. Если я узнаю, зачем это надо, я смогу сделать удобнее».