Время выполнения запроса может сильно варьироваться от нагрузки и состояния сервера.
Если у вас объём БД различается, то и время работы запроса будет различаться. Это нормально. Так и должно быть.
Здесь лучше всего смотреть на план исполнения запроса и его результирующую стоимость.
Добавьте к вашему запросу explain(analyze, buffers, verbose) и посмотрите на вывод БД.