копайте в сторону psr-4
делаете один класс Autoloader, там реализуете свою логику инклюда
Можно хоть наличие файла проверять, хоть чего
ну и используете namespace и один класс-один файл
то есть Class.php в папке /classes/ будет использовать namespace classes;
и создаете: use \classes\Class; $c = new Class();
любая нормальная IDE сама подставит автокомплит