тут только один запрос на вставку, зачем тут 3 запроса?
В логах сервера ошибок нет.
Это говорит только о том что логирование не настроено
if ($aff_id && $parent_aff_id){
global $wpdb;
$table = $wpdb->prefix . 'uap_relations';
$sql = "INSERT INTO $table VALUES(NULL, %d, %d)";
var_dump([$aff_id, $parent_aff_id]);
var_dump($sql); exit(); //тут смотреть и думать
$q = $wpdb->prepare($sql, [$aff_id, $parent_aff_id]); //здесь вроде массив должен быть
$wpdb->query($q);
}
Во первых посмотреть что в переменных, для этого есть вар_дамп.
Во вторых, если переменные не пустые, взять запрос, подставить руками значения и выполнить запрос из пхпмайадмин или из оболочки напрямую. Скорее всего какое-то поле является обязательным, но не входит в ваш запрос, либо первое поле (id?) не автоинкремент... В любом случае вы увидите ошибку.