Так задавайте iframe с ютубом размеры в процентах. Он вполне это умеет.
Точно так же можно менять размер iframe на media queries, думайте о нем как о картинке.
Пока такой возможности нет. Но реклама есть далеко не у всех видео. Это некоторые каналы так монетизируются и гугл просто предоставляет платформу. Кто то втыкает одину мини рекламку в начале с возможностью пропустить, кто-то херачит каждую минуту.
Скорее всего у вас просто используются одинаковые id для контейнеров или что-то вроде этого. Проверьте чтобы каждый блок куда вы хотите вставить видео был уникальным.
Нельзя изменить поведение фулскрина.
Но вы можете использовать какой-нибудь плагин для браузера, который умеет работать с ютуб видео и изменяет размеры плеера, например
