Почему после git pull права на запись файла для членов группы www-data удаляются и как этого избежать?

просто
chmod +x myfile.txt
и затем закоммитить.
Т.е. права, можно сказать, такой же контент файла как и его содержимое. Поэтому и меняется аналогично: меняем права средствами операционной системы, а потом

git add .
git commit -am "fix grants"