InnokentyDM

Касательно оплаты - вам нужна услуга эквайринга для физ.лиц. Самым крупным агрегатором таких услуг для физ.лиц недавно была Робокасса, но последнее время оттуда немало печальных новостей было как раз касательно отношений с физ.лицами. В принципе вы можете использовать ЯД,Вебманю, но поскольку большая(доминирующая) часть рынка интернет-платежей это банковские карты - вы покроете только маленькую часть потенциальных покупателей. Безусловно решения и костыли есть, но все же такую услугу проще получить будучи юридическим лицом.

Не архитектор, но может быть так:
1) Все пользователи в таблице Users.
2) Все компании в таблице Companies.
3) Таблица связи между 1 и 2. Пользователь может работать в 1 или более компаний, он может иметь разные атрибуты в разных компаниях (или несколько разных учеток будет, не удобно, если он обновит свои данные только в одной и забудет в других).

Или
1) Users отдельно для сущности пользователь. (домашний телефон, адрес)
2) Company для компаний.
2) Таблицу Employee для сотрудника компании, у которой будет ссылка на User и Company. (рабочий телефон, должность...)
Любой User может стать Employee, и может быть им в разных компаниях с разными возможностями.