Этап 1. Stateless
Собирайте один образ для обоих контейнеров nginx и php-fpm, в котором у вас будет находится код самого приложения в /app и будут установлены нужные пакеты. Здесь у вас должны быть только не изменяемые во время работы приложения данные. Запускаете оба контейнера, просто для одного точкой входа будет nginx, а для другого php-fpm. Вдвоём места на диске они будут занимать только по размеру образа, т.к. это будет один и тот же readonly-слой
Этап 2. Statefull
Все данные, которые изменяются во время работы приложения, должны жить в отдельном хранилище, которое будет подключаться к обоим контейнерам куда-нибудь в /app/storage, будь это просто named volume, какой-нибудь rbd ceph или s3 хранилище (в этом случае nginx туда отправляет просто через определённые для таких данных location)
