Мне нравится подход, используемый в Yii framework — простые запросы можно реализовать с помощью ORM, а для сложных есть более низкий уровень абстракции, основанный на PDO. Таким образом можно сочетать оба подхода в зависимости от сложности того или иного элемента проекта.
Есть библиотека PEAR, Log. В ее возможности входит перегрузка стандартной обработки ошибок, уровни ошибок, поддержка сохранения ошибок в БД, отправка в FireBug, на мыло и т.п. Очень удобно.
Попробуйте использовать Replace Regexp для этого. Задача позволяет реализовать поиск/замену с использованием регулярок. Или переходите на Ant, для него есть класс для препроцессинга.
