корень вашей проблемы находится выше по иерархии организации времени/рабочего-пространства. попробуйте ознакомится с философией GTD Дэвида Аллена, а дальше разберетесь.
От себя. Всю полученную извне информацию (ссылки - это ее часть) всегда можно отнести к одной из трех категорий:
1. Информация призывающая к действию. Пример: уведомление на почту о сообщении в Facebook, действие - зайти на Facebook, ответить, либо отложить/спланировать действие - занести в ежедневник/todo-менеджер.
2. Справочная информация, т.е. то что не требует действия но пригодится в будущем для решения каких-либо задач. Пример: полезная статья о работе с закладками в браузере. Действие - поместить в продуманное хорошо каталогизированное хранилище.
3. Мусор, бесполезная информация, которая не требует действия и не пригодится в будущем. Сразу в корзину и забываем о ней в ту же минуту.
Если отсортировать из закладок 1 и 3 пункты (1 - перенести в ежедневник, 3 - выкинуть) и хорошенько перебрать имеющееся ссылки которые можно отнести ко 2 пункту, то ссылок останется не так много и их можно раскидать по папкам разбив на категории. А имеющихся встроенных инструментов Chrome/Firefox окажется вполне достаточно.
Совет: не храните в закладках информацию которую можно легко нагуглить - это не эффективно.
