IllusionTurtle

я не в курсе как там дела в ubuntu/mint с раскладкой и биндингами, может есть более "родное" средство, но предложу универсальный вариант:

в наверное любое DE есть демон хоткеев, добавьте туда смену раскладки для нужных вам клавиш:
Ctrl+Shift+1 setxkbmap -model pc104 -layout us
Ctrl+Shift+2 setxkbmap -model pc104 -layout ru
ит.д.

1) многое зависит от рабочего окружения DE WM ит.д. - возможно подобный функционал там будет реализован, или какие-то возможности для реализации того что вы хотите.
2) поковыряйте в сторону xrandr xprop xwininfo wmctrl xdotool
к примеру:
xwininfo xwininfo -tree -root выведет вам все открытые окна с их размером и положением на экране
через xrandr можете определить размер и положение экранов.

зная эту информацию вы можете отфильтровать нужные вам ID окон.
и с помощью wmctrl можно управлять окнами

возможно это можно сделать через один только wmctrl...