Нашел большое количество вопросов похожих на мой, но все они были оставлены без ответа. Префиксы именно здесь не помогли, но на всякий случай уже подключил автопрефиксер. В данном случае на айфоне не работала анимация возврата меню из-за того, что для блока с пунктами меню в свойстве top: -100%; значение было указано в процентах, тогда как при нажатии на кнопку было объявлено это свойство со следующим значением top: 0;
Протестил несколько раз с префиксами и без, все стало плавно работать только с процентным значением в свойстве top: 0%;
