Это баг прогаммы.
https://jira.atlassian.com/browse/SRCTREEWIN-9301
Вообще, у многих популярных программ и даже sdk есть issue trackers, где можно узнать много интересного.
Скорее всего, его сложно пофиксить, так как sourcetree кроссплатформенная.
Вы мне помогли постановкой вопроса "с решением через диспетчер". Сразу придумал, что оно ещё умеет выбранное окно разворачивать, если в таскбаре навести на окно и правой кнопкой мыши нажать "развернуть", (для истории в одном файле почему-то работает "восстановить".)