Я использую Omnigraffle - он сильно универсален и позволяет быстро создавать диаграммы, интеллект карты. Для простых проектов использую mindnode.

P.s: еще надо будет написать ТЗ, но это наверное точно в ворде делать. Да?:)

В небольших проектах при правильном построении концепт карты, часто(не всегда) отдельное описание каждого модуля(страницы) не требуется. В ТЗ достаточно будет указать название каждого модуля(страницы) согласно концепту.

В "более крупных" проектах для описания функционала и логики каждого модуля можно использовать те же программы для построения концепт карт или powerpoint.
Ворд тоже никто не отменял, но на практике чем нагляднее всё выглядит на бумаге, тем потом меньше вопросов.)