Из 
документации:
You cannot paste a DIB section from one application into another application.
Можно после изменения данных в DIB section сделать нормальный битмап через 
CreateDiBitmap.
А еще лучше, вместо CreateDIBSection, скопируйте данные из битмапа через 
GetDIBits, измените их и скопируйте назад в битмап через 
SetDIBits.