Как в питон-коде исполняемого в exec() изменить внешние объекты?

Май бэд, locals действительно read only.
В Вашем случае можно использовать eval

obj = eval('parsedJson' + rule)

Но лучше обойтись без eval\exec.

from re import findall
names = findall(r'"(\w*)"', rule)
obj = reduce(lambda child, x: child[x], names, parsedJson)

Если Python 3, то reduce надо сначала импортировать из functools.