Разумеется перестраиваются, если они активны (не использовалось alter table… disable keys).
Другой вопрос, что их апдейт забирает ресурсы, и если для «очень быстро» индексы поотключать, а потом включить обратно — это повлечет за собой полный ребилд индексов, что может быть напряжно, если данных было очень много, а добавлено сравнительно мало.
