Holfamer

git add . – добавление (индексация) новых и измененных файлов, без удаленных файлов. Добавления всех изменений в файлы текущего каталога и его подкаталоги.
git add -u – добавление (индексация) измененных и удаленных файлов, без новых файлов.
git add -A – добавление (индексация) всех файлов: новых, измененных и удаленных.

Настройка core.autocrlf с параметрами "true" и "input" делает все переводы строк текстовых файлов в главном репозитории одинаковы.
core.autocrlf true - git автоматически конвертирует CRLF->LF при коммите и обратно LF->CRLF при выгрузке кода из репозитория на файловую систему (используют в Windows).
core.autocrlf input - конвертация CRLF в LF только при коммитах (используют в Mac/Linux).

Если core.safecrlf установлен на "true" или "warm", Git проверяет, если преобразование является обратимым для текущей настройки core.autocrlf.
core.safecrlf true - отвержение необратимого преобразования lf<->crlf. Полезно, когда специфические бинарники похожие на текстовые файлы.
core.safecrlf warn - печать только предупреждение, но принимает необратимый переход.

Более полная инфа:
core.autocrlf
core.safecrlf