Вообще, шифрованные разделы бэкапить прямо так не следует -- наличие на руках у взломщика двух зашифрованных версий даёт ему много лишней информации. Обычно создаётся второй контейнер и расшифрованные файлы передаются по зашифрованному соединению, при этом, как понимаете, они прекрасно сжимаются.
Если вам всё же очень хочется занулить раздел, проще всего просто создать новый контейнер из обнулённого файла/раздела и скопировать файлы на него. Нетронутые сектора так и останутся забитыми нулями.
Если и это не подходит, нужно проверять блоки на занятость и затирать нулями свободные. То, как проверять, зависит от ФС, но в качестве универсального способа, на первый взгляд, можно предложить сгенерировать килобайт псевдослучайных данных, забить ими раздел dd, а потом проверять и затирать совпавшие.