Игорь Воротнёв

Думаю можно пробовать сделать через GUI локального приложения (Tower, Sourcetree, GitHub Desktop и тд) которое дает возможность массовой работы с ветками (надо смотреть какое из них это предоставляет).

Ну или из CLI. Из CLI уж 100% получится, и даже автоматизировать потом можно. Подробнее вот тут читайте.

"repositories": [
 {
   "type": "vcs",
   "url":  "git@bitbucket.org:user/repository-name.git"
 }
],
"require": {
  "user/repository-name": "dev-master"
},

Если репа приватная – читать тут (и менять адрес репы с git@bitbucket.org на https).

Читайте доку по git submodule, там все подробно расписано. На русском.