Как установить только один setTimeout?

Задай переменную с id от setTimeout и при каждом нажатии проверяй, что она есть. Если есть, то вызови clearTimeout.

Примерно должно выглядеть так:

var timerId;
  $('.my-button').click(function() {
    timerId = setTimeout(function() {
      if (timerId) {
        clearTimeout(timerId);
        timerId = undefined;
      }
      menu('main');
      $('#just-tab-1').tab('show');
    }, 10000)
  })