tyllo, Огромное спасибо, теперь понял. Размер текста скопировал с другими стилями из авакод, и забыл удалить. Совсем забыл что задал высоту .header. Теперь задал header-container min-height и все заработало. Но все же кое что не понял, если убрать у меню display: flex, то и меню и лого смещаются вниз, почему?
Спасибо за ответ, Мне необходимо сделать меню горизонтально, а элементы которые обрезаются со сторон необходимо скрыть, но они должны быть доступны для горизонтального скролла.