Т.к. для меня логирование консольных контроллеров нужно было, чтобы определить какие данные грузить через ->with, то решение оказалось следующее:
после выполнения запроса к БД вешаю обработчик на событие ActiveRecord::EVENT_AFTER_FIND и смотрю объекты каких классов берутся из БД после выполнения запроса. Так определяю какие связи ещё не указаны в ->with
Event::on(ActiveRecord::className(), ActiveRecord::EVENT_AFTER_FIND, function (Event $event) {
echo $event->sender->className()."\n";
});