Спасибо, я в самом деле забыл добавить папку в автозагрузку. Исправил, но проблема сохранилась в том же виде.
Попробовал обновиться через composer dump-autoload и composer update. В файле vendor/composer/autoload_psr-4.php появилась строчка 'Modules\\' => array($baseDir . '/modules'),
Но результатов не принесло.
UPD: После ремонта пространства имен проблема села в файле маршрутов. Первый способ оказался нерабочим в отличии от второго. Спасибо, Alex Wells.