Проблема решена
Спасибо тех. поддержке CloudLinux
Итак, что было сделано:
1) создала каталог /psgtmp, указала PassengerTempDir /psgtmp в конфиге и перестартовала апач.
2) добавила точки монтирования /psgtmp и /usr/local/rvm в /etc/cagefs/cagefs.mp
3) переименовала ваш конфиг в /etc/cagefs/conf.d/ruby.cfg.backup, потому что он не нужен в данной ситуации
4) обновила CageFS skeleton и перемонтировала пользователей:
#cagefsctl --force-update
#cagefsctl --remount-all