Не совсем красивый способ но в скрипте удаления товара из верхней корзины вызывается вот такой код
....
reloadTopBasket('', $('#basket_line, #basket_line_fixed, #basket_line_fixed_mobile'), 200, 2000, 'N', $(this));
...
У меня работает штатно и корзина обновляется без каких либо проблем
