Hanneman

sudo mysql -u root -p

Откройте папку, в которую устанавливали Navicat. Поищите там файл ntunnel_mysql.php и используйте его для подключения через HTTP-туннель к базе вашего сайта.

1. Загрузите файл в корень сайта
   
2. В Navicat выберите тип подключения Use HTTP Tunnel
   
3. Укажите путь http://ваш-сайт/ntunnel_mysql.php
   

Это решение "из коробки".

Отсутствует - добавьте. В официальной документации расписано.

Манипулируйте:
select * from table where id in (2,3,4,5);
"После" 2:
select id from table where id > 2;
Количество после:
select count(id) from table where id > 2;
Если у вас по порядку auto increment.
В итоге вам надо получать все id после двух, а потом формировать select, как в первом примере.

Как минимум, вы должны:

1. Проверить/предоставить структуру таблицы (мало ли типы данных не совпадают или структура?)
   
2. Проверить, работает ли сам запрос, если в него подставить данные и напрямую через консоль базы запустить.
   
3. Проверить, что за данные передаете в код для переменных $email, $pass и $pass2 (откуда всем знать, что там в них?)
   
4. Использовать PDO, так как mysql_query устарел и больше так никто не пишет, как в вашем допотопном примере чужого кода, взятого с просторов Интернета.
   

Вот так:

SELECT name, 
       CONCAT('\"', main.holding_offense, '\"'), 
       main.upervised_release_date 
FROM   op_covid_population_data_scrape main 
       JOIN op_cure_correction_centers cc 
         ON main.parent_institution = cc.parent_institution;

Лучше чем здесь, нигде не описано. Копировать сюда нет смысла, просто следуйте инструкциям.

В коде принято выводить и обрабатывать ошибки - возьмите за правило.

В коде хотя бы сейчас:
1. Выведите сформированный запрос на экран с помощью print.
2. Его же и с консоли в базу напрямую запустите.

Если не сработает, смотрите соответствия типа данных с полями таблицы.

Ну а далее сюда скиньте, так как без ошибок и конфигурации полей мало кто вам чем поможет.

Тот факт, что внешний доступ открыт в настройках базы, не отменяет того, что в настройках firewall на том самом сервере открыт порт.
Порт может быть и отличным от стандартного 3306.
В настройках базы внешний доступ может быть открыт не для всех IP.
Для таких целей, если не имеется доступа прямого на тот сервер (чтобы проверить настройки), берете типичный анализатор пакетов, например, Wireshark, запускаете локально и смотрите, что там у вас на уровне TCP в момент подключения. Ну или, если Linux локально, то можно и tcpdump-ом смотреть.
Пока что эти шаги выполните, напишите что и как, а дальше посмотрим.

Это очень элементарно (достаточно просто почитать любую документацию):

Вот, например, создаем таблицу table1 (или создайте через любой GUI):

CREATE TABLE IF NOT EXISTS `table1` (
  `id` int(11) DEFAULT NULL,
  `name` varchar(50) DEFAULT NULL,
  `surname` varchar(50) DEFAULT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8;

Заполняем ее тестовыми данными (или заполните через любой GUI):

INSERT INTO `table1` (`id`, `name`, `surname`) VALUES
	(1, 'David', 'Fisher'),
	(2, 'David', 'Lynch'),
	(3, 'David', 'Gilmour'),
	(4, 'Ian', 'Gillan');

Затем с помощью этой команды создаем table2, в которую попадут данные из table1, где name='David'

CREATE TABLE table2 SELECT * FROM table1 WHERE NAME='David';

Это самый простой пример - естественно, можно и иначе, но, я думаю, вы, основываясь на этом примере, сможете разобрать методику.

Не совсем все же понятна задача (если там есть кое-какие "но"), но делается так:

select distinct group_id from (
    select group_id from place
    union 
    select group_id from promo
) x;

Ошибку в студию.

Попробуйте так:

sudo apt-get remove --purge mysql* -y
sudo apt-get autoremove -y
sudo apt-get autoclean

Затем удалите папку с конфигурацией:
sudo rm -rf /etc/mysql

Ну и затем хардкор: найти все оставшиеся файлы по маске и удалить:
sudo find / -iname 'mysql*' -exec rm -rf {} \;